سید علی خمینی نوه آیت الله خمینی طی سخنرانی در مدرسه فیضیه قم، از قتل عام زندانیان سیاسی در دهه شصت دفاع کرد و آن را امری ضروری دانست. قتل عام زندانیان سیاسی دهه شصت هزاران زندانی که حتی احکام حبس آنان به پایان رسیده بود را به کام مرگ کشاند.
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران به نقل از فارس، سیدعلی خمینی، سه شنبه شب در مراسم بیست و هفتمین سالگرد ارتحال امام خمینی(ره) که با حضور علما، طلاب و روحانیون در مدرسه فیضیه قم برگزار شد، اظهار داشت “ امروز یک عده ای برای منافقین دل می سوزانند که چرا اعدام کردید؟ آن ها کسانی بودند که در مقابل حکومت ایستادند و جنایاتی کردند که داعش آن ها را نمی کرد؛ آنان رئیس جمهور، نخست وزیر و بسیاری از بزرگان کشور را ترور کردند؛ اگر بنا بود که امام خمینی(ره) همواره در مقابل این جنایات نرمش از خود نشان می داد که کشور پس از ۳۰ سال هم رنگ آرامش به خود نمی دید.“
لازم به یادآوری است اعدام زندانیان سیاسی در دهه شصت واقعه‌ای بود که طی آن عده بسیاری از زندانیان سیاسی در زندان‌های جمهوری اسلامی در ایران بخصوص در ماه‌های مرداد و شهریور ۱۳۶۷ اعدام شدند. به طور کلی جرم زندانیان همکاری با سازمان‌های مخالف جمهوری اسلامی به خصوص سازمان مجاهدین خلق ایران و همچنین طیف‌های مختلف گروه‌های چپ و کمونیست بود.تعداد قربانیان این واقعه نزد مراجع مختلف متفاوت و بین ۲۵۰۰ تا ۳۰۰۰۰ نفر است.
عمده کسانی که اعدام شدند افرادی بودند که محکومیت های خود را به پایان رسانده بودند.