محمدتقی مصباح یزدی گفته «هیچ کس موافق نیست که شیعیان زمینه‌های اختلاف خود با اهل تسنن را فراموش کرده و اعتقادات خود را کنار بگذارند.»
به گزارش فعالان اهل سنت ایران، مصباح یزدی افزوده «واژه وحدت در اصطلاح علوم گوناگون معانی متعددی دارد و باید دقت و توجه کافی داشت تا مبادا این تعدد معانی، در تبیین اتحاد شیعه و سنی موجب بروز سوء تفاهم شود.»
به گفته وی «منظور از وحدت شیعه و سنی، وحدت تاکتیکی است، یعنی شیعه و سنی با هم متحد باشند و با همکاری یکدیگر در برابر دشمن مشترک ایستادگی کنند.»
وی افزوده «عده‌ای با اهداف پلید و عده‌ای نیز از روی جهل، اعلام می‌کنند که وحدت شیعه و سنی یعنی طرفین باید برای اتحاد با یکدیگر از برخی از تقیدات، عقاید و مباحث مورد قبول خود چشم‌پوشی» کنند.
مصباح یزدی توضیح داده که «مراد از اتحاد شیعه و سنی این نیست و شیعیان هرگز سنی نمی‌شوند.»
مصباح یزدی سوم بهمن ماه سال ۹۲ نیز در اظهاراتی سیدنا عثمان بن عفان٬ خلیفه سوم مسلمانان را فردی «دنیا‌گرا»٬ «باند‌باز» ٬ «قوم‌گرا» و اهل «تبعیض» معرفی کرده بود.
مصباح یزدی گفته بود این اقدامات خلیفه سوم در نهایت منجر به قتل وی از سوی مردم شد.
وی ۱۹ بهمن ماه هم اظهار کرده بود «بسیاری» از اهل سنت در «تشخیص اشتباه کرده و راهی غلط را برگزیده‌اند.»
مراجع شیعه در جلسات وحدت که در هفته وحدت در ایران برگزار می شود شرکت نمی کنند اخیرا دکتر جلال جلالی زاده فعال اهل سنت و نماینده پیشین مجلس این سوال را مطرح کره که “چرا مراجع شیعه در کنفراس های وحدت شرکت نمی کنند؟!”